Je souhaite aborder les difficultés de fonctionnement auxquelles j'ai été confronté dès les premières semaines de mon mandat, et qui ont absorbé une grande partie de mon temps au sein du Civen pendant ces deux années. Ces difficultés sont liées à la modification du statut du Civen devenu autorité administrative indépendante. Le Civen fonctionnait avec deux implantations, la principale étant à La Rochelle. À La Rochelle se trouvaient le directeur des services, la plupart des agents de l'équipe administrative, et le médecin chargé d'examiner les dossiers médicaux. Ce médecin évaluait si la maladie correspondait à la liste figurant dans les textes, et renseignait les éléments permettant de déboucher sur une présomption de causalité via le logiciel Niosh-Irep.
Le changement de statut du Civen a eu pour conséquence que le ministère de la défense n'était plus l'administration de référence pour ses moyens de fonctionnement. Parmi les cinq personnes de l'équipe administrative à La Rochelle, quatre, mises à disposition par le service des pensions des armées, ont décidé de quitter le Civen et de réintégrer leur administration d'origine. Elles estimaient qu'une autorité administrative indépendante ne leur offrait pas les mêmes garanties administratives et de carrière qu'un service administratif traditionnel. Le médecin chargé de l'instruction médicale des dossiers a pris sa retraite peu après mon entrée en fonction. J'ai rencontré de grandes difficultés pour trouver un remplaçant, car je n'avais aucune aide administrative. Finalement, nous avons trouvé une médecin de haut niveau basée à Lyon, qui se déplaçait pour assister aux réunions du Civen et présenter les dossiers devant le comité. Concernant le lieu de réunion du Civen, il me semblait inconcevable que cette autorité administrative indépendante continue de se réunir dans une enceinte militaire. Il était impératif de trouver un lieu civil. Là encore, il m'a fallu des mois pour obtenir une salle de réunion adéquate. Ces difficultés peuvent sembler anecdotiques, mais elles ne le sont pas.
Au fil des années, les contentieux liés aux décisions du ministre, puis du Civen, se sont multipliés. La défense par des mémoires en justice a pris une place très importante dans les activités du Civen. Heureusement, nous avons continué à bénéficier du soutien de la direction des affaires juridiques du ministère de la défense, ce que je ne minimise pas. En tant que Président du Civen, j'avais la responsabilité de signer les mémoires en défense. Durant les derniers mois de ma présidence, il était évident, comme vous l'avez rappelé, que la proportion de dossiers aboutissant à une offre d'indemnisation était très faible. Cette situation a généré une pression considérable, que je comprends parfaitement, émanant notamment de la commission de suivi des conséquences des essais nucléaires, des associations, des élus et d'autres parties prenantes. Ils souhaitaient que le Civen accepte une proportion beaucoup plus importante de dossiers. Cependant, je ne pouvais pas m'écarter des estimations fournies par les médecins éminents membres du Civen. Le caractère d'autorité administrative indépendante du Civen aurait dû le protéger de ce type d'intervention.