Le budget de l'INAO est relativement stable. Il est composé à 70 % d'une subvention de l'État, donc du ministère de l'agriculture, et à 30 % de droits payés par les professionnels. Cette deuxième partie a légèrement augmenté car le volume des produits commercialisés sous SIQO a augmenté. De plus, au fil des années, l'INAO a récupéré le Label rouge, l'agriculture biologique, etc. Progressivement, la part des droits a donc augmenté, mais le budget reste relativement stable. Du reste, cette stabilité peut poser question car les coûts de l'INAO augmentent avec l'inflation.
Le budget de l'INAO est consacré à 74 % aux salaires. Le reste est utilisé pour le fonctionnement de l'établissement et la protection, notamment la protection internationale.