Le contrôle des produits végétaux est en partie du ressort de la DGDDI, la DGCCRF lui ayant transféré cette compétence avant le déploiement de la police unique chargée des contrôles de sécurité alimentaire, placée sous l'égide de la DGAL. Cette police unique contrôle l'ensemble des denrées alimentaires, compétence jusqu'à présent partagée entre la DGCCFR et la DGAL ; l'installation de la police unique s'étant opérée après le transfert du contrôle des produits végétaux à la DGDDI, celle-ci en conserve la responsabilité.
En 2023, 160 128 contrôles de produits animaux et d'animaux vivants ont été effectués : 1 787 envois ont été refusés, soit 1,12 %. S'agissant des aliments pour animaux d'origine non animale, 4 609 contrôles ont été opérés, 0,3 % d'entre eux ayant décelé une absence de conformité à la réglementation. La DGAL a réalisé 64 636 contrôles de produits phytosanitaires végétaux, dont 1,53 % ont fait apparaître une non-conformité.