Les contrôles aux frontières françaises sont bien effectués par des services qui dépendent de la DGAL, les services d'inspection vétérinaire et phytosanitaire aux frontières (SIVEP). Ce peuvent être des contrôles documentaires ou des contrôles physiques, notamment sur des denrées animales ou des animaux vivants, ou par analyses. Il y a deux façons de connaître le mode de production. S'il laisse des traces, on vérifie si les résidus – hormones, antibiotiques – dépassent ou non le plafond réglementaire. Sinon, on procède à des audits de filières. La filière, qui s'est engagée à ne pas recourir à tel produit ou à telle pratique, est auditée sur place par une direction de la Commission européenne qui vérifie qu'elle respecte bien son cahier des charges et garantit ainsi le processus et la traçabilité.