La douane n'effectue des contrôles physiques que pour les denrées d'origine non animale, à l'entrée dans le territoire européen. La viande est contrôlée par les services vétérinaires de la DGAL, qui délivrent ou non un certificat sanitaire d'entrée sur le territoire, lequel est automatiquement injecté dans le processus de dédouanement.
Lors du dédouanement, nous disposons donc du résultat des contrôles effectués par la DGAL. Chaque administration intervient dans son périmètre : la DGAL avant le dédouanement, la DGDDI lors du dédouanement et la DGCCRF lors de la mise à la consommation. Leurs interventions s'enchaînent, dans le cadre de protocoles de coopération renforcés par l'interconnexion des systèmes d'information. Il est à noter que les analyses des prélèvements effectués lors des divers contrôles sont réalisées par un outil scientifique commun aux trois administrations, le service commun des laboratoires, qui a plusieurs antennes en France.