Si les pharmaciens disposaient d'une clause de conscience, ils pourraient refuser de préparer des médicaments spécifiques susceptibles, à haute dose, de provoquer la mort. De la même manière, on sait désormais que les substances polyfluoroalkylées ou perfluoroalkylées sont mortelles : ceux qui les préparent pourraient demander à bénéficier d'une clause de conscience, comme les personnes qui s'occupent des déchets nucléaires. L'existence d'une clause de conscience est essentielle pour ceux qui prescrivent la substance ou qui l'administrent, pour les autres la participation est indirecte : si on leur donne une clause de conscience, on arrête de travailler en France.