Le FSPRT recense les individus signalés pour leur radicalisation. Il est géré à l'échelon départemental et administré par l'unité de coordination de la lutte antiterroriste (Uclat).
Le fichier des personnes recherchées (FPR) est un fichier de suivi et de mise en attention. Certaines personnes y sont inscrites pour un défaut de permis de conduire ou pour un non-paiement de pension alimentaire. Sa partie S rassemble les individus les plus dangereux, parmi lesquels les individus suivis par le contre-terrorisme. Les services inscrivent les personnes qu'ils veulent porter à l'attention de la communauté du renseignement.
Il s'agit avant tout d'un fichier de surveillance. À chaque fiche correspond une conduite à tenir si une personne contrôlée « sonne » au FPR. Le niveau le plus bas consiste à noter l'identité de la personne et de ses accompagnants, éventuellement le numéro de la voiture, et à ne pas attirer l'attention. Parfois, il s'agit de prévenir le service enquêteur sans délai.
Ces deux outils sont complètement différents, même si la plupart des individus inscrits au FSPRT le sont aussi au FPR. Ce double fichage permet d'assurer un suivi des déplacements, des personnes rencontrées et des lieux fréquentés. Ces outils permettent d'avoir des yeux et des oreilles ailleurs que dans son bureau.