Dans l'article L. 412-24 nouveau du code de l'environnement, il n'est pas fait référence à la loi sur l'eau. Or l'enjeu de la protection du commun qu'est l'eau est primordial et, depuis près de trente ans, tous les programmes d'action en faveur des haies engagés dans les régions, et les financements associés, ont été orientés pour répondre à cet enjeu.
Les haies permettent de prévenir les inondations et de recharger les nappes grâce à l'infiltration de l'eau. Elles améliorent également la qualité de l'eau. Pour se nourrir, les arbres absorbent des éléments minéraux du sol, comme l'azote et le phosphore. Grâce à leurs profondes racines, ils vont chercher ces éléments nutritifs dans des zones que les racines des autres plantes, notamment de culture, ne peuvent atteindre. Ils permettent ainsi de diminuer la quantité d'éléments qui ruissellent jusqu'au cours d'eau et donc de réduire leur pollution.
L'administration doit donc fixer ses prescriptions en se fondant également sur la législation protégeant ce commun qui est l'eau.