La diversification est au cœur de la plupart des PAT, mais aussi de bon nombre de projets soutenus par les chambres d'agriculture, pour au moins deux raisons. Tout d'abord, de nombreux territoires subissent les conséquences de la politique de spécialisation productive qui a été menée : là où ont été concentrés les élevages, les émissions d'azote issues des effluents d'élevage sont excessives, alors qu'au contraire, les grandes régions céréalières qui ont délaissé l'élevage, comme la Picardie, souffrent d'une carence d'azote organique. C'est pour cette raison qu'il est devenu urgent de restaurer l'équilibre complémentaire entre les cultures et l'élevage dans les territoires et au sein des exploitations.
Ensuite, les économistes, les agronomes et les agriculteurs s'accordent sur la nécessité de diversifier les risques au sein d'une même exploitation. Les agriculteurs qui se sont spécialisés dans une seule production sont devenus extrêmement dépendants du prix de vente de cette production. Or la dérégulation des marchés a aggravé la volatilité des prix agricoles.