Cette question revient assez régulièrement, mais elle relève davantage du domaine réglementaire que de la loi. Les sites des URSSAF précisent bien le mode de taxation de ces junior entreprises – qui, du reste, bénéficient déjà de certains avantages. Quant aux caisses qui appliquent mal ces dispositions, il faut leur expliquer qu'il existe une réglementation et une jurisprudence de la Cour de cassation très claires.
Les junior entreprises ont, par ailleurs, le choix du mode de cotisation, car les prélèvements peuvent être calculés forfaitairement sur la base de quatre fois le SMIC horaire ou sur celle des rémunérations réellement versées : il suffit donc de déclarer à l'URSSAF l'option choisie, même si de petites incompréhensions peuvent se produire sur le terrain.