D'après ce qu'écrit Gilles de Margerie, commissaire général de France Stratégie, dans un rapport publié en 2021, le CIR présente « des effets positifs et statistiquement significatifs sur les activités de R&D et le chiffre d'affaires mais pas sur la valeur ajoutée et l'investissement ». Antoine Bozio, directeur de l'Institut des politiques publiques et coauteur de l'une des deux études sur lesquelles s'appuie ce rapport, souligne : « Ce dispositif profite d'abord aux entreprises ayant déjà décidé d'innover mais ayant des problèmes de financement ou de liquidités. Il n'y a pas d'éléments pouvant laisser penser qu'il est bien adapté pour développer l'innovation. » Il ajoute « Le CIR s'apparente donc plutôt à un substitut à la baisse de l'impôt sur les sociétés. »