Des entreprises qui ont investi plusieurs centaines de milliers d'euros dans des programmes de promotion dans les pays tiers, aidés à hauteur de 40 % ou 50 %, ont été rattrapées par FranceAgriMer deux à quatre ans plus tard : ses services leur ont demandé de rembourser les subventions, ce qui a mis les entreprises en grande difficulté.
Le manque de clarté du dispositif et l'absence d'engagement de l'administration française et de l'État aux côtés des entreprises ont conduit des exploitants à refuser de monter de tels dossiers.