Les contrôles sanitaires et audits dans les pays tiers relèvent de la compétence de la Commission européenne, à travers sa direction générale Santé, en lien avec les autorités sanitaires nationales. Les points de contrôle aux frontières dépendent du ministère de l'agriculture. Pour l'ensemble des produits qui circulent dans le marché intérieur, les autorités sanitaires nationales sont chargées de mener les contrôles classiques et de répondre rapidement à la RASFF.
L'origine est en effet fixée la plupart du temps en fonction du lieu de la transformation majoritaire, lequel est également scruté dans chaque négociation bilatérale. Pour bénéficier des préférences établies dans un accord de commerce, le produit doit être originaire du pays avec lequel cet accord est établi. L'Union européenne est particulièrement vigilante en la matière.