La réponse courte est négative : les contrôles ne sont pas diminués. Pour pouvoir exporter un produit d'origine animale ou végétale dans l'Union, un pays tiers doit avoir été autorisé filière par filière, à la suite d'un audit documentaire et sur place, réalisé par la Commission européenne et dont le résultat est soumis aux États membres. Ensuite, un deuxième volet porte sur l'autorisation par l'établissement, puis le produit végétal ou animal doit être accompagné de son certificat sanitaire, dont le modèle est établi au niveau européen. Lors du passage de la frontière, les points de contrôle frontaliers disposent d'installations et réalisent des tests sur le contenu effectif.
Les contrôles comportent donc le contrôle documentaire systématique sur le certificat sanitaire délivré par l'autorité sanitaire du pays tiers exportateur, un contrôle d'identité systématique sur les animaux vivants et les produits d'origine animale et un contrôle physique, dont la fréquence est déterminée par voie réglementaire en fonction des produits. Des audits réguliers sont menés pour vérifier que la réglementation est appliquée par les autorités du pays tiers et qu'elle est en conformité avec le cadre décidé pour délivrer les certifications. Si le contrôle émet un avis non conforme, le produit ne rentre pas et si cette non-conformité est récurrente, un plan de contrôle renforcé est établi sur l'établissement proprement dit.
Il est également possible de suspendre l'agrément à l'exportation d'un établissement étranger en cas de défaut du respect des normes. Cela a été le cas pour les viandes avariées frauduleuses en provenance du Brésil en 2010. Par ailleurs, les contrôles du marché intérieur continuent évidemment de s'appliquer : des contrôles aléatoires sont effectués par les autorités sanitaires. En résumé, le niveau de contrôle reste de toute façon extrêmement rigoureux.