La DGOS a été pleinement mobilisée tout au long de la crise Covid-19, pour organiser à la fois la prise en charge des patients contaminés, mais aussi celle de tous les autres patients. Pour ce faire, il a fallu édicter des consignes nationales, assouplir les cadres réglementaires pour donner plus de liberté aux établissements et aux ARS, simplifier le fonctionnement général du système, et enfin parvenir à trouver des ressources humaines, matérielles et logistiques. À l'instar des autres structures, la DGOS a dressé son propre retour d'expérience pour évaluer ses modalités de fonctionnement.