En cas de crise, la DGOS intervient en appui du centre de crise et assure le lien avec les acteurs concernés. À titre d'exemple, la DGOS participe à la rédaction des doctrines nationales des fédérations hospitalières, en anticipation de la crise. Elle prend également part à la rédaction des retours d'expérience. Enfin, elle accompagne les éventuelles modifications réglementaires lorsque des mesures d'urgence doivent être engagées.