Les agences de l'eau peuvent financer des retenues de substitution lorsque celles-ci s'inscrivent dans un projet de territoire et font l'objet d'autorisations administratives. L'impact environnemental et social des projets est étudié ; les préfets jouent un rôle déterminant dans l'autorisation des projets : ils pilotent la concertation et la signature du protocole d'accord entre les différentes parties prenantes. Lors du remplissage des bassines, entre novembre et mars, les préfets déterminent également le seuil à ne pas dépasser ; lorsque les projets sont autorisés, il n'y a pas de raison d'interdire par principe aux agences de l'eau de les financer. L'avis est donc défavorable.