Le projet annuel de performances du programme 150 Formations supérieures et recherche universitaire de la mission Recherche et enseignement supérieur assume de ne pas compenser l'intégralité des hausses de dépenses de personnel des universités, considérant que « compte tenu de leurs réserves financières, les établissements seront également appelés à un effort de responsabilité ». Ainsi, selon France Universités, près de 120 millions d'euros par an ne sont pas compensés par l'État, qui grève dans le même temps le fonds de roulement des universités ou leurs perspectives en matière de recrutement.
Depuis le passage au principe des responsabilités et compétences élargies, que prévoit la loi relative aux libertés et responsabilités des universités, c'est la première fois que des mesures salariales appliquées à l'ensemble de la fonction publique ne sont pas compensées. Quant aux surcoûts liés à l'inflation et à la hausse des prix de l'énergie, ils sont estimés à 300 millions d'euros pour 2023. Selon une enquête de France Universités réalisée en 2023, près des deux tiers des universités françaises pourraient présenter un résultat déficitaire. Il est donc indispensable de compenser ces augmentations des traitements des fonctionnaires.