Intervention de Stéphane Pesce

D'immenses progrès sont intervenus en écologie, à travers le développement des approches fondées sur le séquençage et l'étude de l'ADN environnemental. Il est désormais beaucoup plus simple d'observer les microorganismes, qui sont au cœur de mes recherches depuis ma thèse. Quand j'ai commencé, nous avions du mal à mettre en lumière le rôle de ces microorganismes invisibles. Désormais, leur caractère essentiel est clairement démontré : tous les organismes vivants ont une flore microbienne, au même titre que l'environnement. Quand j'étais jeune docteur, il me fallait deux mois pour séquencer six bactéries. Aujourd'hui, on peut séquencer 10 000 échantillons en deux jours, pour le même prix.

À cette flore microbienne s'ajoute également le rôle d'autres organismes, comme les vers de terre ou les pollinisateurs. Les développements méthodologiques nous permettent de mesurer des phénomènes que nous n'arrivions pas à mesurer il y a encore dix ans, et donc de dépasser la simple présence ou absence d'oiseaux emblématiques. Aujourd'hui, nous sommes capables de quantifier l'invisible et de placer des indicateurs sur des microorganismes : il est de plus en plus possible d'établir un lien entre telle espèce et tel rôle écologique. Nous sommes aussi capables de mesurer les fonctions des activités biologiques sur le terrain, ce qui n'était pas possible il y a encore quelques années. Le champ des indicateurs potentiels, qu'ils soient biologiques ou chimiques ne cesse donc de croître.

Aujourd'hui, nous sommes encore au stade des recherches durant lequel chaque laboratoire développe son propre protocole ou effectue un focus sur tel ou tel sujet particulier. Les données sont nombreuses, mais pour pouvoir les rendre robustes et en tirer des conclusions, elles doivent être reproduites et reproductibles, grâce à des études fiables conduites sur la durée. L'idée consiste donc, à un moment donné, à utiliser les mêmes méthodes et indicateurs, de manière coordonnée. C'est le passage classique du développement en laboratoire à une application à plus large échelle, pas nécessairement dans un contexte réglementaire. Par exemple, les approches sur le séquençage sont encore en constante évolution, y compris sur la manière d'acquérir les données et de les traiter. Il n'est donc pas encore possible de comparer tous les résultats.