La création de l'ANS en 2019 a eu un impact sensible sur les missions de la direction des sports et ses relations avec le mouvement sportif et notamment les fédérations sportives. L'ANS détient désormais la compétence de la mise en œuvre de la politique sportive de la performance et le développement des pratiques sportives, activité qui relevait antérieurement de la compétence de la direction des sports.
L'État consacre des moyens humains au mouvement sportif, puisque la direction des sports mobilise un peu plus de 1 450 de ses agents qui exercent leur mission auprès des fédérations sportives, comme les directeurs techniques nationaux, les conseillers techniques régionaux mais aussi des entraîneurs. La relation au mouvement sportif est donc aujourd'hui essentiellement régalienne, dans le cadre de l'agrément et de la délégation via le contrat de la délégation.
Le rapport de la Cour des comptes met en lumière la difficulté à apprécier le rôle des uns et des autres dans ce nouvel écosystème. Le 18 juillet 2022, la ministre a réuni l'ensemble des acteurs du sport pour repréciser le rôle attendu de chacun, et en particulier de la direction des sports. À cette occasion, la ministre a indiqué que la direction d'administration centrale devait être une « direction d'état-major » et qu'il lui revenait de s'assurer que l'ensemble des opérateurs contribuant à la politique sportive respectent leurs obligations. Elle a également indiqué que l'ANS devait aussi faire l'objet d'un suivi dans le cadre d'une convention d'objectifs et de moyens, et donc d'un contrôle de la mise en œuvre des orientations politiques déclinées au sein du conseil d'administration de ladite Agence.
Le 18 juillet 2022, la ministre a également demandé que le dispositif législatif et réglementaire qui préside à cette organisation soit complété par des actes qui ont été depuis finalisés. Ainsi, une convention et un protocole précisant le rôle de la direction des sports, de l'ANS et l'Institut national du sport, de l'expertise et de la performance (INSEP) ont été signés. Les différents acteurs sont aujourd'hui positionnés et le sujet a été clarifié.