Le canal du Rhône à Sète est intégré au domaine public fluvial confié à l'opérateur Voies navigables de France (VNF). L'État participe donc, soit directement, soit par l'intermédiaire de VNF, à l'amélioration de la capacité de cet ouvrage par son inscription aux contrats de plan interrégionaux État-régions (CPIER). Ainsi, dans le cadre du CPIER 2007-2013, l'État a participé à hauteur de 20 millions d'euros à une programmation de 50 millions.
En 2010, un programme de modernisation permettant d'augmenter l'emport des bateaux a été déclaré d'utilité publique. Il a été prolongé par son inscription au CPIER 2015-2020 pour un montant de 34,4 millions d'euros, dont 8 millions à la charge de VNF. Ce programme n'a finalement pas pu être mené à bien du fait des difficultés structurelles affectant le canal, dont la principale réside dans l'effondrement des berges par érosion. À la suite de la mission confiée au Conseil général de l'environnement et du développement durable en 2019, le comité de pilotage réunissant l'État, la région Occitanie et l'opérateur VNF a acté le 28 avril 2021 un scénario plus modéré permettant le maintien de l'activité de fret, dont la première phase se déroulera entre 2021 et 2027 et comprendra la réalisation d'études et de travaux, pour un coût estimé à 53,2 millions d'euros. L'État prévoit de cofinancer cette première phase à hauteur de 27,4 millions par l'intermédiaire de VNF : cette proposition est incluse dans le mandat de négociation donné au préfet coordonnateur du prochain CPIER Rhône-Saône 2023-2027. En outre, VNF a déposé le 18 janvier 2023 auprès de l'Union européenne une demande de contribution à hauteur de 1,9 million d'euros dans le cadre du mécanisme pour l'interconnexion en Europe.