L'automatisation du FCTVA a conduit à revoir la définition de l'assiette des dépenses d'investissement éligibles. Pour permettre l'automatisation du calcul pour les travaux sous délégation de maîtrise d'ouvrage, il a été nécessaire de modifier l'attributaire du FCTVA. Désormais, lorsque les travaux sont, par exemple, délégués à une commune par un département, ce n'est plus la commune délégataire qui est bénéficiaire, mais le département qui a délégué les travaux.
Le montant du FCTVA attribué au projet délégué reste le même. L'automatisation du FCTVA n'a donc pas revu à la baisse le montant, mais a conduit à verser directement à l'entité mandante le FCTVA, et non plus à l'entité délégataire. Par conséquent, les collectivités et groupements soumis aux délégations de maîtrise d'ouvrage doivent adapter les contrats stipulant le versement direct aux propriétaires des ouvrages, afin de prévoir l'ajustement du montant des remboursements effectués à l'entité délégataire par l'entité mandante.
Prenons un exemple : si le conseil départemental a délégué les travaux à la commune sur son domaine routier, c'est lui qui bénéficiera directement du FCTVA, dans le cadre de l'automatisation du fonds. Il convient donc que le département rembourse la commune à due concurrence du FCTVA qu'il percevra dans le cadre de l'opération. Pour clarifier ce nouveau cadre de gestion, les services de la préfecture prendront attache auprès de la commune. Ce dispositif doit permettre de s'assurer que le montant dû pour l'opération est bien attribué à l'entité qui sera en mesure de rembourser la commune délégataire. Si la commune contribue pour tout ou partie au financement de l'opération déléguée, une partie de l'opération ne sera pas prise en considération par le traitement automatisé. Dans ce cas de figure, une procédure déclarative particulière a été instaurée, afin de garantir le versement de l'exhaustivité du montant du FCTVA. Ainsi, dans le cadre de ces projets délégués, il n'y a pas lieu de réintégrer les dépenses engagées qui n'ont pas été déduites de l'assiette du FCTVA.
Par ailleurs, les simulations réalisées en amont de la réforme ont montré que, si celle-ci engendre un coût supplémentaire pour l'État, elle s'avère globalement favorable aux collectivités, notamment en ce qu'elle supprime les cas de non-recours au fonds, qui concernaient principalement les plus petites collectivités. La réforme a simplifié la gestion du FCTVA, en supprimant la quasi-totalité des obligations déclaratives, ce qui a conduit à une importante accélération des paiements. Dans sa globalité, elle s'avère donc favorable à l'investissement public local. Une évaluation du coût de ce dispositif est en cours, afin de garantir la bonne mise en œuvre de la réforme et de tirer pleinement profit des simplifications attendues.