À cette époque, l'enjeu était plutôt la mise en œuvre de la loi Bataille de 1991, qui soulevait la question du cycle et du devenir des matières et déchets radioactifs. La loi prévoyait d'explorer durant quinze ans trois axes : la séparation-transmutation, en vue de séparer les matières et d'appliquer à chacune un traitement spécifique dans un réacteur ; le stockage géologique, en profondeur ; l'entreposage de longue durée, en surface ou en subsurface. En 2005, un rapport a été remis par les acteurs concernés. C'est l'Agence nationale pour la gestion des déchets radioactifs (Andra) qui était chargée du deuxième axe : j'en ai donc été le responsable entre 2000 et 2005. Antérieurement, au ministère, il avait fallu mener les recherches.
Les conclusions de ces travaux, présentées en 2005, examinées par le Parlement et qui ont abouti à la loi de 2006, étaient que nous n'arriverions vraisemblablement pas à nous passer d'un stockage en formation géologique profonde et que l'Andra avait démontré la faisabilité de celui-ci. En revanche, la voie de la séparation-transmutation ne produirait probablement pas les effets attendus, notamment parce qu'on ne saurait pas traiter les produits de fission, qui sont les principaux éléments constitutifs de la dose à l'exutoire d'un stockage, et que le traitement de tous les actinides mineurs aurait posé toute une série de difficultés. La priorité a donc été donnée au stockage, tout en continuant la stratégie de fermeture du cycle, qui permet de limiter les déchets radioactifs, donc de réduire à la fois l'emprise du stockage et sa radioactivité en cas d'intrusion.