Le référent préfectoral a les pouvoirs de concertation et d'organisation du préfet, puisqu'il agit en son nom. La délégation de pouvoir et de signature n'est pas systématique : elle fait l'objet d'une décision au sein de chaque préfecture. Le référent aura le même genre de pouvoir que le responsable des investissements ou que le secrétaire général pour les affaires régionales, qui gère les fonds européens.