Il n'y a pas autant de places d'Ater que de places en doctorat. De plus, tous les doctorants ne sont pas à l'université : certains bénéficient de conventions industrielles de formation par la recherche ( Cifre ) ou se trouvent dans d'autres établissements publics scientifiques et techniques. Il n'existe pas de financement automatique pour eux : souvent, il s'agit de financements sur contrats, dont les montages sont extrêmement compliqués.