La procédure d'aide à mourir, fruit d'une demande du patient, soumise à des conditions strictes et accordée à l'issue d'une concertation collégiale, ne saurait être remise en cause par le pharmacien. Celui-ci ne peut représenter un frein ou un obstacle à la volonté du patient et à la décision du médecin, donc à la bonne exécution de la loi. Il peut certes faire valoir ses convictions mais, par sa fonction, il est le maillon d'une chaîne formée avec d'autres professionnels. L'éthique de responsabilité qui guide le pharmacien suppose qu'il garantisse l'accès à la substance létale dès lors qu'aura été accordée l'aide active à mourir.
Selon la procédure, le pharmacien ne sera pas en contact direct avec le patient, ne participera ni à la décision d'engager le processus ni à son accomplissement, et n'agira que sur prescription médicale. Ainsi que l'a rappelé le Conseil d'État, la préparation magistrale létale et la délivrance de la substance létale ne concourent pas de manière suffisamment directe à l'aide à mourir pour porter atteinte à la liberté de conscience. Pour ces raisons, le pharmacien ne saurait disposer d'une clause de conscience.