Toujours pour simplifier et uniformiser la procédure particulière créée, il convient que le juge puisse statuer sur l'évaluation des incidences Natura 2000, mais aussi sur les mesures compensatoires afférentes, qui relèvent de la même procédure, prévue aux VI et au VII de l'article L. 414-4 du code de l'environnement.
Il serait dommageable, tant pour l'agriculteur concerné que pour la bonne administration de la justice, qu'un projet agricole relevant de l'article 15 puisse être bloqué au motif que les mesures conservatoires, pourtant prévues dans le cadre de l'évaluation, dépendent d'un autre régime juridique, et ce d'autant que le Conseil d'État a alerté le législateur sur le fait « qu'il ne peut être exclu que les pouvoirs de régularisation du juge, appliqués à une pluralité de décisions successives, soient sources de complication et d'allongement des procédures ».
Ainsi, les mesures conservatoires prises par l'autorité compétente, lorsque celle-ci autorise qu'il soit porté atteinte aux objectifs de conservation d'un site Natura 2000, devraient pouvoir être validées ou non dans le cadre la même procédure contentieuse accélérée introduite par le présent article.