L'article 13 habilite le Gouvernement à légiférer par ordonnance pour réviser le régime de la répression des atteintes à l'environnement. En réalité, il s'agit surtout de réduire les peines sanctionnant les atteintes aux espèces végétales et animales, afin de « sécuriser la réalisation de certaines activités humaines, notamment les travaux forestiers et agricoles courants », comme l'explique l'étude d'impact.
Le périmètre de l'habilitation est excessif, qu'il s'agisse des activités ou des infractions concernées. De plus, les sanctions administratives relèvent généralement du préfet, placé sous l'autorité du Gouvernement, tandis que les sanctions judiciaires sont prononcées par un juge impartial et indépendant.