Des mesures spécifiques ont été prévues pour maintenir l'alimentation de certaines zones humides. Des dispositions techniques en base de remblais ont été prises pour les secteurs concernés. Dans certains cas, des ouvrages hydrauliques permettent de restituer les écoulements en aval. De mémoire, il s'agit d'une des mesures de réduction identifiées dans le dossier de dérogation des espèces protégées.