La méthode d'identification des zones humides utilisée par Atosca est conforme à celle préconisée par le ministère. Cependant, elle n'a pas été appliquée avec toute la rigueur nécessaire par la société Biotope, d'après les propos tenus devant cette commission par M. Jacques Thomas. M. Jacques Thomas est ingénieur-écologue et pédologue. Il dispose de trente années d'expérience dans le domaine des zones humides continentales. En novembre 2023, il a produit un rapport sur les zones humides du tracé de l'A69. Ce rapport critique le sérieux de Biotope sur de nombreux points, et notamment sur sa méthodologie de délimitation des zones humides.
M. Jacques Thomas qualifie cette méthodologie d'inadaptée, d'incohérente et d'insuffisante. Ainsi, seul 0.4 % des sondages par hectare de l'aire d'étude ont été réalisés. Sur une surface de 1 637 hectares, 685 sondages ont été effectués sur les 2619 attendus. Biotope a donc réalisé 25 % du travail requis, à la fois contre ses propres recommandations et contre la méthodologie de l'État. Ces relevés sont-ils suffisamment précis pour garantir qu'il existe bien 22.59 hectares de zones humides susceptibles d'être impactés ? Ce chiffre est-il potentiellement sous-estimé ? Ne serait-il pas pertinent de réaliser une contre-expertise ?