Sur les zones d'exclusion, dans lesquelles l'emprise de l'ouvrage ampute des parcelles, bien que des délaissés fassent également partie de l'opération d'aménagement foncier, nous disposons de marges de manœuvre bien moindres et il est possible qu'ils ne puissent pas bénéficier d'un traitement différencié. Chaque commission travaillera cependant localement avec le géomètre et la chambre d'agriculture afin de maintenir l'objectif de valorisation de ces espaces.
Sur la question de la matrice cadastrale, si elle est évoquée par le code rural au moment de l'enquête préalable, c'est le propriétaire réel connu au service de la publicité foncière qui est aujourd'hui consulté. Conformément au code rural, tout propriétaire souhaitant revendiquer une propriété doit se faire connaître au moment de la consultation, et un propriétaire manquant dans une opération d'aménagement foncier signifierait que la procédure n'a pas été correctement respectée. Après que le service de la publicité foncière aura transmis au géomètre l'inventaire réel des propriétaires, une consultation sera menée pour vérifier si des propriétaires souhaitent revendiquer certaines parcelles.