Un aménagement foncier consiste à regrouper des parcelles afin de pouvoir, dans le cadre de l'aménagement linéaire, éviter l'emprise de l'ouvrage pour le céder au concessionnaire et déplacer tous les propriétaires pour libérer cet espace et, en réorganisant la propriété, en faciliter l'exploitation. Il s'agit donc d'une réorganisation des propriétaires au bénéfice des exploitants, car ce sont des nuisances causées à ces derniers que naît ce besoin d'un aménagement foncier. Comme le droit de propriété est fondamental, la procédure est strictement encadrée par le code rural.
Si plusieurs modes d'aménagement foncier sont prévus par le code rural, seules deux options peuvent être choisies par la commission dans le cadre d'un aménagement linéaire : le mode avec inclusion de l'emprise ou le mode avec exclusion de l'emprise, prévus par l'article L. 123-24 et précisés par l'article R. 123-32 du code rural. Une exclusion d'emprise signifie que l'ouvrage est acheté par le concessionnaire par expropriation, avec des indemnités directes versées au propriétaire, tandis que, dans le cas de l'inclusion de l'emprise, des portions de terrain sont prélevées sur l'ensemble des propriétaires de façon à pouvoir constituer l'emprise. Chacun perd ainsi une parcelle, les propriétaires sont déplacés, et l'emprise est constituée. La constitution d'emprise est par ailleurs encadrée par des règles précises, selon lesquelles la perturbation de la surface d'un propriétaire ou d'un exploitant doit être limitée à 5 %.
L'exclusion d'emprise est le mode le plus simple. Le maître d'ouvrage situe le périmètre de l'emprise de l'ouvrage, puis achète directement les terrains. Des intérêts individuels entrent ainsi en jeu, puisque chaque propriétaire doit discuter directement avec le concessionnaire, soit de façon amiable, soit par voie judiciaire. Lorsqu'un ouvrage conduit à l'amputation des terres d'un propriétaire ou d'un exploitant, la restructuration vise à s'assurer qu'il ne soit pas nécessaire pour l'exploitant de devoir traverser l'ouvrage pour travailler. Il s'agit là d'opérations modestes de restructuration, au sein desquelles la valeur vénale devient la principale source de motivation des propriétaires. Dans le cadre des exclusions, le traitement des propriétaires est en outre différencié selon qu'ils sont assistés d'experts ou qu'ils se défendent par eux-mêmes. Lorsque certaines exploitations sont lourdement amputées, l'expropriation vient aggraver encore les perturbations.
Dans l'inclusion d'emprise en revanche, l'ouvrage fait partie de l'opération d'aménagement. Le code rural prévoyant l'impossibilité d'enlever plus de 5 % des terres d'un propriétaire ou d'un exploitant, le périmètre d'étude et d'intervention est de fait plus important, et le périmètre perturbé correspond à vingt fois l'emprise de l'ouvrage. Les effets de coupure sont ainsi plus aisés à résorber, puisque l'étendue du périmètre permet de faire passer l'agriculteur d'un côté ou de l'autre de l'ouvrage. Les dommages sont en outre mutualisés sur l'ensemble du périmètre. Les personnes concernées n'intervenant pas directement dans les discussions avec le concessionnaire, qui n'achète que le prélèvement éventuel ; la valeur vénale devient dès lors un élément secondaire. L'emprise, comme le prévoit le code rural, sera alors libérée au cours de l'opération. La Safer peut, à ce moment, acheter du terrain n'importe où au sein du périmètre pour créer cette emprise, dans le cadre d'une convention avec le concessionnaire, sur la base des montants indiqués dans le protocole d'éviction.