Le travail, mené conjointement entre nos départements, a en effet permis d'aboutir à une base commune. Les agriculteurs peuvent ensuite accepter le seuil minimal fixé par le protocole, et aboutir ainsi à un accord, mais ils peuvent également négocier davantage s'ils jugent que les préjudices pour leur exploitation sont supérieurs ou les marges meilleures, ou encore rejeter le protocole. Les discussions relatives à l'indemnité pour le propriétaire se font sur une base établie par la Safer, avec un pourcentage supplémentaire du prix des terres pour les frais. La marge brute de référence, sur sept ans, a également une « valeur fumure » sur les trois dernières années apportées. À cela peuvent venir s'ajouter des majorations : pour les jeunes agriculteurs à hauteur de 30 %, idem pour les exploitations en agriculture biologique ; elles atteignent 40 % si un exploitant est à la fois un jeune agriculteur et opère en agriculture biologique, et elles peuvent également concerner les titulaires de baux à long terme. Il peut également exister des déséquilibres de l'exploitation avec un pourcentage de superficie agricole utile (SAU) fortement impactée, permettant de bénéficier d'une majoration de 35 %. La marge brute n'est donc pas le seul élément à considérer, et les exploitations fortement impactées peuvent faire valoir un ensemble d'éléments au moment de la négociation avec Atosca. Les agriculteurs dont les marges sont plus élevées, en raison notamment de la technicité de leur métier dans certaines filières spécifiques, pourront remplacer les moyennes proposées par les chambres d'agriculture par leurs propres chiffres, certifiés par leur organisme comptable. Ceux dont les chiffres sont inférieurs conserveront en revanche les moyennes établies par les chambres d'agriculture.