En ce qui concerne la coopération européenne en matière d'océanographie, les organismes français ont été à l'origine de la création de la société Mercator Océan, qui est l'opérateur du Copernicus marine service, c'est-à-dire le service financé par l'Union européenne qui fournit notamment des modèles d'états de la mer à l'échelle européenne et mondiale. Ce service est indispensable aux opérations du Shom. La société Mercator Océan a été créée il y a d'une dizaine d'années, et ses actionnaires fondateurs sont Météo France, le Centre national de la recherche scientifique (CNRS), l'Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer (Ifremer), l'Institut de recherche pour le développement (IRD) et le Shom. Cette société s'est ouverte à des organismes européens et deviendra prochainement une organisation intergouvernementale.