La procédure introduite par l'article 9 organise déjà un dialogue entre l'État et les collectivités sur l'identification de projets. Il est donc proposé de supprimer le dispositif de qualification de projet d'intérêt national majeur à l'initiative des régions. En effet, ce dispositif pourrait présenter de nombreuses difficultés.
Premièrement, les projets proposés par la région seraient inscrits de droit sur la liste élaborée par le préfet de région. Cette disposition donnant à la région le pouvoir de déterminer des projets d'intérêt national en imposant sa décision à l'État poserait un problème majeur concernant la répartition des compétences. Ensuite, la procédure proposée prendrait beaucoup de temps, ce qui est contraire à l'esprit général du texte. Enfin, l'identification par arrêté du représentant de l'État conduirait à créer un nouvel acte administratif attaquable devant les différentes juridictions, allongeant les délais contentieux et faisant perdre les bénéfices souhaités de la procédure accélérée.