Superphénix a subi des pannes et des petites fuites internes. Il n'y a pas eu de fuite de sodium vers l'extérieur – les collecteurs, dont c'est le rôle, les ont absorbées – mais il a cependant fallu les réparer, raison pour laquelle le réacteur était assez souvent arrêté. De plus, chaque arrêt déclenchait une période extrêmement longue pour obtenir l'autorisation de redémarrage.